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２０世紀９０年代后期亞洲金融危機和印尼政權更迭后，在內外壓力下，印尼總統哈比比于１９９９年１月同意東帝汶通過全民公決選擇自治或脫離印尼。５月５日，印尼、葡萄牙和聯合國三方就東帝汶舉行全民公決簽署三個協議：東帝汶實行特別自治的憲政框架，東帝汶人民對自治方案進行直接投票的安全安排和操作程序。６月１１日，聯合國安理會通過決議成立聯合國駐東帝汶特派團，負責東帝汶過渡初期工作。８月３０日，東帝汶在聯合國主持下舉行全民公決，４５萬登記選民中約４４萬人參加了投票，其中７８。 ５％拒絕自治并選擇脫離印尼。哈比比總統當日表示接受投票結果。投票后東親印尼派與獨立派發生流血沖突，東帝汶局勢惡化，聯合國特派團被迫撤出，約20多萬難民逃至西帝汶。９月，哈比比總統宣布同意多國部隊進駐東帝汶。此后，安理會通過決議授權成立由澳大利亞為首、約８０００人組成的多國部隊，并于９月２０日正式進駐東帝汶，與印尼駐軍進行權力移交。１０月，印尼人民協商會議通過決議正式批準東帝汶脫離印尼。同月，安理會通過第１２７２號決議，決定成立聯合國東帝汶過渡行政當局（UNTAET，簡稱聯東當局），全面接管東帝汶內外事務。２００１年８月和２００２年４月，東帝汶分別舉行制憲議會（議會）、總統選舉。東獨立運動領袖夏納納·古斯芒當選總統。２００２年５月２０日，東帝汶民主共和國正式成立。詳細： 。

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東蒂汶，獨立了沒幾年。

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