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由于太空中飛船會處于失重環境，飛船中任何沒有密閉的東西都有可能四處漂浮。因此，航天員在使用“廁所”前，要首先打開位于整套裝置最末端的抽風機，這樣，整個裝置都保持向內抽風的狀態，排泄物一旦和人體分離，會立即向下運動。排泄物就不會因為失重，而散落到裝置以外。

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神舟六號飛船首次在軌道艙里裝備了大小便收集器。在太空上廁所是個麻煩事。航天服里有一個類似于“尿不濕”的小便收集裝置，這是上次飛行中楊利偉惟一能夠使用的“廁所”。這次增加了一個大小便收集器，能夠強力吸走排泄物，同時通過除臭裝置除去異味。這個吸塵器式的“太空馬桶”在太空中是否方便好用，是這次任務需要驗證的一個問題。 在排泄方面，“神舟”六號飛船在軌道艙設置了密封的大小便收集裝置，并安了一個“太空馬桶”，馬桶上有一個負壓裝置，可以起到很好的密封作用。這些設備都將首次接受考驗。